Для удаления vlc и его настроек
sudo dpkg --purge --force-all vlc

Для удаления vlc без настроек
sudo dpkg --remove --force-all vlc

Ubuntu 13.04
sudo add-apt-repository ppa:n-muench/vlc
sudo apt-get update
sudo apt-get install vlc

Ubuntu 12.04 и 12.10
sudo add-apt-repository ppa:n-muench/vlc2
sudo apt-get update
sudo apt-get install vlc